BLAST dasturi yordamida transkriptlarni olish

BLAST dasturi yordamida transkriptlarni olish Transkripsiyani ekstraksiya qilish gen ifodasini tushunishda hal qiluvchi rol o'ynaydi. BLAST dasturidan foydalanish biologik ketma-ketliklarni solishtirish va o'xshashlikni aniqlash orqali bu jarayonni soddalashtiradi. BLAST dasturi nima? Ma'lumotlar bazasini qidirish BLAST asosiy mahalliy hizalanishni qidirish vositasini anglatadi va u biologik ma'lumotlar bazalarini ketma-ketlik o'xshashligini qidirish uchun ishlatiladi. Algoritmlar U ketma-ketliklar orasidagi muhim mosliklarni topish uchun turli xil algoritmik yondashuvlardan foydalanadi. Ma'lumotlar bazasi turlari BLAST nukleotidlar va oqsillar ma'lumotlar bazalarida qidirishi mumkin, bu tahlillarda ko'p qirralilikni ta'minlaydi. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool - asosiylokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo'lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi. Sodda qilib tushuntirilganda sizda oqsil yoki nuklein kislotalarning ma'lumbir ketma-ketligi bor. Lekin siz bu nuklein kislota qaysi turga tegishli ekanligini bilmaysiz. BLAST sizga mana shu qo'lingizdagi nukleotidlar ketma-ketligi qaysi turga tegishli ekanligini aniqlashga yordam beradi. Albattau bazada mavjud bo'lgan millionlab namunalarga solishtirish asosida sizga kerakli natijani chiqarib beradi. BLAST dasturini 1990-yilda AQSHlik bir guruh tadqiqotchilar ishlab chiqqanlar. BLAST dasturiy ta'minoti qanday ishlaydi? Ketma-ket taqqoslash BLAST mos kelmaslik va bo'shliqlarga yo'l qo'yadigan evristik algoritm yordamida kirish ketma-ketligini ma'lumotlar bazasi bilan taqqoslaydi. Reyting va reyting U to'g'rilashlarni baholaydi va ularni statistik ahamiyatiga qarab tartiblaydi, ishonchli o'yinlarni ta'minlaydi. Hisobot yaratish Dasturiy ta'minot topilgan o'xshashliklar va moslashuvlarni taqdim etadigan keng qamrovli hisobotlarni yaratadi. BLAST ga qanday kiriladi? Buning uchun kompyuterda internetni yoqib AQSHning Biotexnologik ma'lumotlar milliy markazi (NCBI) saytiga kiramiz. U yerdan BLAST bo'limi tanlaymiz. Bizda quyidagi oyna ochiladi. Biz nukleotidlar ketma-ketligini tekshirmoqchi bo'lganimiz uchun chap tomonda turgan Nucleotide BLAST tugmasini bosamiz. Kompyuter ekranida quyidagi oyna ochiladi. BLAST uchun kirish ma'lumotlarini tayyorlash Ma'lumotlarni formatlash Kirish ketma-ketligi BLAST talablariga muvofiq to'g'ri formatlanishi kerak, bu esa aniq taqqoslashni ta'minlaydi. Ketma-ket tanlash Taqqoslash uchun tegishli biologik ketma-ketlikni tanlash mazmunli natijalarga erishish uchun juda muhimdir. Nukleotidlarimizni birinchi yuqoridagi qizil ko'rsatgichda ko'rsatilgan joyga ko'chirib olib qo'yamiz (Ctrl+C va Ctrl+V). Shundan so'ng ikkinchi ko'rsatkich ko'rsatayotgan joy belgilanganligini tekshiramiz. Bu nuqta siz yuklagan nukleotidlarni qaysi ma'lumotlar ba'zasi bilan solishtirish kerakligini aniqlashtirish uchun kerak. U yerda ayni vaqtda Human genomic + transcript - odam genomi va Mouse genomic + transcript - sichqon genomi ma'lumotlar bazasi ko'rsatilmoqda. Biz Others - boshqalar degan bo'limini tanladik. Oxirgi ko'rsatkich Highly similar sequences - 'juda ham o'xshash ketma-ketlik' degan tugma tanlanganligini ko'rsatmoqda. Bu bizga biz tekshirayotgan nukleotidlar ketma-ketligiga eng yaqin natijani ko'rsatib berishi uchun kerak. Shulardan keyin pastda chap tomonda turgan BLAST tugmasini bir marotaba bosamiz. Dastur bizga NCBI ...