Oqsillarning ikkilamchi strukturasi

Oqsillarning ikkilamchi strukturasi Reja. 1. -aminokislotalarning fazoviy tuzilishi. 2. Peptid bog'ining o'lchamlari. 3. Oqsillarning ikkilamchi strukturasi. Har bir peptid yoki oqsil o'ziga xos fazoviy shaklga ega bo'lib, bu konformatsiya molekulanig fizik-kimyoviy va biologik xossalarini belgilaydi. Fazoviy tuzilish esa birlamchi tuzilishga bog'liq. Fazoviy struktura harakatchan, yani tashqt omillar ta'sirida o'zining shaklini o'zgartiradi. Shuning uchun oqsillar va peptidlarning fazoviy tuzilishi haqida gapirilganda bir necha konformatsiyalardan energetik jihatdan eng qulay fazoviy struktura nazarda tutish to'g'riroq bo'ladi. Tirik hujayrada oqsil doimiy o'zgarib turuvchi muhitda bo'ladi, har xil moddalar bilan ta'sirlashadi, shuning uchun u o'zining fazoviy shaklini doimiy o'zgartirib turadi. Tabiiy holatdagi oqsilning fazoviy strukturasini aniqlash juda mushkul va ko'p mehnat tala qiladigan vazifa hisoblanadi. Chunki tajriba sharoiti tabiiy sharoitdan farq qiladi. Bazi oqsillarning fazoviy strukturasini rentgenostruktura analizi usuli bilan (kristall holatda), bazilarini esa fizik- kimyoviy usullar bilan (eritmalarda) aniqlash mumkin. Eksperimental va nazariy usullar birgalikda qo'llanganda ham yaxshi natijalar olinadi. Oqsillar uchun fazoviy tuzilishni quyidagi darajalari mavjud: ikkilamchi, uchlamchi va to'rtlamchi. hozirda bu tushunchalar biroz eskirib qolgan bo'lsada, peptidlar uchun umuman qo'llanilmaydi, odatga ko'ra foydalanib kelinmoqda. Aminokislotalarning molekulasida (glitsindan tashqari) asimmetrik uglerod atomi mavjud. Shuning uchun aminokislotalar ikkita fazoviy izomer hosil qiladi. Bu izomerlar stereokimyoviy nomlash qoidasiga muvofiq D- yoki L-aminokislotalar deyiladi. Oqsillar tarkibiga kiruvchi aminokislotalar L-aminokislotalar hisoblanadi. SOON SOON N-S-NH2 NH2-C-H R R D-izomer L-izomer Aminokislotalarning D yoki L izomer ekanligini, yani nisbiy konfiguratsiyasini ularning fazoviy tuzilishini glitserin aldegidining fazoviy tuzilishiga taqqoslash bilan amalga oshiriladi. Masalan, buni alanin va serin misolida, Fisherning proeksion formulalari yordamida ko'rish mumkin: CHO COOH COOH HO-C-H NH2-C-H NH2-C-H CH2OH CH3 CH2OH L-glitserin L-alanin L-serin aldegidi D-aminokislotalar esa aksincha konfiguratsiyaga ega. CHO COOH COOH H-C-OH H-C- NH2 H-C- NH2 CH2OH CH3 CH2OH D-glitserin D-alanin D-serin aldegidi Aminokislotalarning D yoki L qatorga mansubligi ularni qutblangan nurni o'ngga yoki chapga burishi bilan bog'liq emas. Ularning qutblangan nurni o'ngga yoki chapga bo'rishi eksperimental yo'l bilan topiladi. O'ngga buruvchi izomer (Q) ishora bilan, chapga buruvchi izomer (-) ishora bilan ifodalanadi. Masalan, D(Q)-serin, D(-)-serin kabi. Shuningdek, bu hodisa yon radikal tabiatiga va tekshirish sharoitlariga ham bog'liq. hozirda optik izomerlarning R,S-nomenklaturasi ko'proq ishlatilmoqda. D-qator aminokislotalarni bazan tabiiy bo'lmagan aminokislotalar ham deyiladi. Chunki ular odam organizmida uchraydigan oqsillar tarkibiga kirmaydi. D-aminokislotalar mikroorganizmlar tomonidan ishlab chiqariladigan antibiotiklar tarkibida, masalan, D-fenilalanin (gramitsidin, polimiksin, aktinomitsin va b.), bakteriyalarning hujayra devorlari biopolimerlari tarkibida uchrashi mumkin. Izoleytsin, treonin va gidroksiprolin aminokislotalari ikkitadan asimmetrik uglerod atomiga ega. Shuning uchun ular to'rttadan stereoizomer hosil qiladi (Nq2n q22 q4). SOON SOON COOH COOH NH2-C-H ...